Гръбначни
Гръбначните животински видове в Национален парк „Рила" не притежават голямото разнообразие на безгръбначните, тъй като отразяват богатството на съответните таксони в умерените ширини.
Ихтиофауната или Рибите от Клас Pisces са съсредоточени в реките, езерата и язовирите на парка, където са установени общо 12 вида и подвида. В някои от езерата се среща балканската пъстърва - Salmo trutta fario, а в други езера е осъществявано зарибяване с дъгова пъстърва - Salmo gairdneri irideus и сивен - Salvelinus fontinalis. През последните години в парка е установено наличието и на македонска пъстърва - Salmo macedonicus.
Земноводните (Amphibia) и Влечугите (Reptilia) формират херпетологичното разнообразие на парка. Установените видове и подвидове са 28 от 12 семейства, почти равномерно разпределени по растителни пояси, единствено с липсата им в алпийския пояс.