Риби
Във водите на НП „Рила” са установени 7 вида риби:
- Балканска пъстърва (Salmo cf. trutta / Salmo sp.) – обитава някои от високопланинските езера, където е зарибена, както и реките от Дунавския водосбор на НП „Рила”, където естественият произход и таксономичната принадлежност са неясни. Среща се и в някои от останалите реки от Егейския водосборен басейн вследствие на зарибявания.
- Македонска пъстърва (Salmo macedonicus) – установена е в реките от водосборите на р. Струма и р. Места. Таксономичният статус не е напълно изясенен.
- Американска (дъгова) пъстърва (Oncorhynchus mykiss) – Интродуциран вид. В границите на Парка е установена само в Мусаленските езера.
- Сивен (Salvelinus fontinalis)– Северноамерикански вид, установен само в някои от високопланинските езера и р. Марица, където е зарибен.
- Главоч (Cottus gobio) – Обитава само водосбора на р. Искър на територията на НП „Рила”.
- Лешанка (Phoxinus phoxinus) – Установена е в някои високопланински езера в границите на Парка. Таксономичното положение на вида в страната не е напълно изяснено. Вероятно вида е зарибен във водоемите на Парка.
- Обикновен гулеш (Barbatula barbatula) – Установен само в яз. Бели Искър, където вероятно е зарибен.