Висши растения

В Национален парк „Рила” се срещат около 1400 вида висши растения, което представлява 38,35% от флората на България. Най-красивите от тях са български и балкански ендемити (видове с ограничено географско разпространение). Общият брой на ендемичните видове е 57. Балканските ендемити са най-многобройни. Редица от тях имат широко разпространение и средообразуваща роля не само за парка, но и за други райони на България. Те участвуват като доминанти или субдоминанти в образуването на растителната покривка. Такива са видовете балкански зановец (Chamaecytisus absinthioides), мощна власатка (Festuca valida), планински минзухар (Crocus veluchensis), българско вятърче (Jasione bulgarica), рилска теменуга (Viola orbelica), скален пелин (Anthemis orbelica), рилска класица (Alopecurus riloensis), дребнолюспест карамфил (Dianthus microlepis), балканска петлюга (Pinguicula balcanica), планинска гъжва (Sesleria comosa), миджоренско червеноглавче (Knautia midzurensis), балкански оклоп (Androsace hedraeantha), панчичева пищялка (Angelica pancicii), придатъчна паламида (Cirsium appendiculatum ), българска горчивка (Gentianella bulgarica), панчичев спореж (Senecio pancicii), бяла мура, прешленест девесил (Heracleum verticillatum), връшняк и др. Локалните ендемити са рилска иглика (Primula deorum), павловско шапиче (Alchemilla pawlowskii) и рилски ревен (Rheum rhaponticum).
Сравнително малко са арктично-алпийските флорни елементи, локализирани в най-високите части на парка, където климатът е студен. Рудералните и плевелните елементи са малко, с най-голям дял са космополитните видове. За флората на Национален парк „Рила” от особен интерес са видовете, виреещи върху варовити терени, тъй като те имат ограничено разпространение. Варовиците са разположени като отделни петна или са вклинени като жила в силикатната скала на Средна и Северозападна Рила. Интерес представляват редица видове, липсващи по силикатните места, характерни само за варовитите терени– копиевиден многоредник (Polysticum lonchitis), зелено изтравниче (Asplenium viride), стенно изтравниче (A.ruta-muraria), влакнестоплодна рупа (Draba lasiocarpa), швейцарска боянка (Erysimum helveticum), почерняваща тлъстига (Sedum atratum), целебна раменка (Anthyllis vulneraria), полски окситропис (Oxytropis campestris). Други видове растения се развиват еднакво добре върху силикатни и варовити терени. По-разпространени между тях са алпийска ливадина (Poa alpinа), врязанолистна върба (Salix retusa), мрежолистна върба (Salix reticulata), Arenaria biflora, пълзящ иглолист (Alyssum repens), алпийско лъжичниче, изправена незабравка (Myosotis sylvatica).