Флора

Съвременният облик на биоразнообразието на Национален парк „Рила” е в резултат на последното заледяване на планината през Вюрмския период. Формиралите се различни ледникови форми на релефа създават специфични условия за живот на различните гъбни, растителни и животински видове. Застудяването през плейстоцена и особено в последната му част е причина за навлизането на студоустойчиви видове със северен произход. Това влияние е било сравнително ограничено и проявено само в най-високите части на планините. В ниските части на страната е била разпространена степната растителност. В средния планински пояс е имало горска растителност заради по-голямата влажност. Така във високите части на Рила въпреки проникването на северни елементи са се запазили и терциерната флора и фауна. Оформянето на съвременната флора е продължило след последното заледяване, особено през сравнително топлия период на Атлантика, който се характеризира с реколонизация на предишни местообитания на видове. В този период широко са се разпространили видовете бук и смърч. Рила планина притежава голям ендемизъм на видове поради специфичните условия, създадени основно заради голямата надморска височина. Благодарение на голямото разнообразие на релефа са създадени условия за голям брой екологични ниши за различни растителни и животински видове. 

Територията на НП „Рила“ се характеризира с голямо разнообразие от биотопи и природни местообитания, което се обуславя от разнообразните климатични и исторически фактори и релефните форми. По-голямата част от установените природни местообитания в парка имат Европейска и/или Национална природозащитна значимост. До този момент са установени 29 природни местообитания по класификацията на EUNIS. От тях 4 представляват различни сладководни местообитания, 3 са торфища и мочурища, 8 са тревни местообитания, 5 са храстови съобщества и съобщества на ниски храстчета, 10 са гори и горски екосистеми, 2 са скали и пещери.
На територията на парка се срещат разнообразни екосистеми. Най-общо те могат да бъдат класифицирани според принадлежността им към доминиращите биоми на горски (обхващат широколистни и иглолистни гори), тревни (обхващат пасища, ливади и други тревисти съобщества), храстови ( обхващат високопланински храсти и храстчета), скални (включват скали и сипеи) и сладководни (обхващат реки и мочурища) екосистеми.
Горските екосистеми са разположени във височинен интервал между 1300 и 2100 м н.в. основни средообразуващи видове са смърчът (Picea abies), бялата мура (Pinus peuce) и белият бор (Pinus sylvesris). Средната възраст на горите в рамките на иглолистния пояс е над 100 години.
Храстови екосистеми  са представени основно във високопланинската безлесна зона на парка при надморска височина между 1900 м и 2500 м. С първичен произход са екосистемите на клека (Pinus mugo), разпространен широко във високопланинската зона. Характерни за парка са екосистемите на ерикоидните храстчета на Черната боровинка (Vaccinium myrtillus), Червената боровинка (Vaccinium vitis-idaea), Синята боровинка (Vaccinium uliginosum ) и Връшняка (Bruckenthalia spiculifolia). 
Тревните екосистеми са разпространени основно субалпийската и алпийска зона на парка. Тяхното разпространение се обуславя от климатичните фактори, както и от плиткия почвен субстрат и наличието на пасищен режим поддържан в продължение на много десетилетия. 
Скални екосистеми  се срещат  разпръснато из цялата територия на Парка, като скалните масиви са основно силикатни. Карбонатните скали са с ограничено разпространение в парка. 
Сладководни екосистеми на територията на парка се характеризират с изобилие от планински езера, потоци и реки. В своята съвкупност те формират групата на сладководните екосистеми.